プロポリスは、採取した状態では、さまざまな物質が混ざり合っているため、精製して商品化する必要があります。
そのプロポリスの有効成分を抽出する方法にはいくつかの方法が存在します。
プロポリスの抽出する「水抽出法」は、採取された原塊であるプロポリスを食用アルコールのかわりに水を使用し、水溶性の成分を抽出する方法です。
水を使用して抽出することで、水溶性の有効な成分もありますが、プロポリス原塊からの抽出率としては、アルコール抽出法には及びません。
この時に使用される水には、通常の普通の水と活性水を使用する2種類が存在します。
このプロポリスの水抽出法のメリットはアルコール抽出方のような特有の臭いが付かないために、化粧品は食品へ多く用いられます。
ただし、ポロポリス自体が油性成分を多量に含んでいるために、水で抽出される成分には限りがあります。
特に、プロポリスの有効成分であるフラボノイドについては、脂溶性のため、ほとんど抽出することができません。
また、水で抽出するために殺菌効果がなく、長期間の保存ができないといった難点もあります。

